Żółwie wraz z Fugitoidem zostają pojmani i trafiają w ręce Bishopa. Choć po raz pierwszy go widzą na oczy, to on wie o nich więcej, niż bracia by chcieli. Fugitoid zostaje przekazany Federacji w zamian za obietnicę pozostawienia Ziemi w spokoju, a żółwie pozostają jako obiekty eksperymentalne dla Bishopa. Na ratunek żółwiom wyrusza Splinter wraz z April i Jonesem.
Future Shellshock • Obsolete • Home Invasion • Headlock Prime • Playtime's Over • Bishop to Knight • Night of Sh'Okanabo • Clash of the Turtle Titans • Fly Me to the Moon • Invasion of the Body Snatcher! • The Freaks Come Out at Night • Bad Blood • The Journal • The Gaminator • Graduation Day: Class of 2105 • Timing is Everything • Enter the Jammerhead • Milk Run • The Fall of Darius Dun • Turtle X-Tinction • Race for Glory! • Head of State • DNA is Thicker than Water • The Cosmic Completist • The Day of Awakening • Zixxth Sense
Sezon X
Master Fighter 2105 • Something Wicked • Bounty Huntin' • Turtles Turtles Everywhere • Law and Disorder • The Devil and Dr. Stockman • The Incredible Shrinking Serling • Space Usagi • City under Siege • Homeward Bound
Sezon 7
Tempus Fugit • Karate Schooled • Something Wicked • The Engagement Ring • Hacking Stockman • Incredible Shrinking Serling • Identity Crisis • Web Wranglers • SuperQuest • Virtual Reality Check • City Under Siege • Super Power Struggle • Wedding Bells and Bytes • TMNT in... Mayhem From Mutant Island!!!