Kanały - ciągną się pod całym Nowym Jorkiem i stanowią idealną kryjówkę dla wielu istot. Ludzie raczej nie przepadają za wchodzeniem do ich wnętrza. To w nich znajduje się kryjówka żółwi i Splintera. Zarówno w serialu z 2003 jak i 2012 kryjówka żółwi znajduje się blisko stacji metra.
W większości wcieleń TMNT system kanałów bardzo przypomina system kanałów burzowych w Nowym Jorku, jednak prawdziwe kanały burzowe nie nadają się do stałego zamieszkania ze względu na regularne zalanie wodą podczas deszczu.