Die Turtles entsteigen der Kanalisation nahe eines halbverfallenen Hauses, das Cheng ihnen als das neue Hauptquartier von Go-Komodo und der Lady Shredder aufgezeigt hat[1] - eine Behauptung, deren Wahrheitsgehalt sich bestätigt, als sie die Ruine voller Foot Ninja vrfinden. Während Raphael, Michelangelo, Donatello und Pimiko das Versteck offen angreifen, um die Wachen abzulenken, versuchen sich Leonardo und Cheng zu Go-Komodos Labor zu schleichen, wo sie hoffen, Splinter in Chengs Körper vorzufinden.[1] Leider laufen sie in eine Gruppe frischer Ninja-Wachen hinein, die zur Verstärkung herbeieilt; Leonardo kann diese zwar unschädlich machen, doch Cheng setzt sich während dieses Kampfes klammheimlich ab.
Go-Komodos Ende
Während Leonardo noch nach Cheng Ausschau hält, stoßen seine Brüder und Pimiko zu ihm - gerade rechtzeitig, um einer neuen Angriffswelle zu begegnen, die von Go-Komodo persönlich angeführt wird. Pimiko stellt sich ihrem Onkel zum Zweikampf, wird aber dann von King Komodo aus dem Hinterhalt überfallen und festgehalten. Go-Komodo befiehlt seinem "Bruder", Pimiko zu töten; doch King Komodo, der Pimiko daür dankbar ist, dass sie ihn gepflegt hatte, nachdem Go-Komodo sich nach dem Fiasko mit Splinter aus dem Staub gemacht hat,[2] wendet sich gegen ihn. Mit der Fähigkeit zur Kontrolle von "niederen Wesen", die er durch Go-Komodos DNA in seinem Körper erhalten hat, sowie mit seinem durch das ihm injizierte Mutagen gesteigerte Bewusstsein, nutzt King Komodo ihre gegenseitige telepathische Verbindung aus, um Go-Komodo dazu zu zwingen, seine Warangestalt anzunehmen.[3] Und während Go-Komodo nun hilflos vor den beiden auf dem Boden kriecht, tritt Pimiko mit einem Schwert an ihn heran...
Chengs Ende
Indessen haben die Turtles die Wachen erledigen können und stehen nun vor Go-Komodos Konlabor, in dessen Stasistanks eine Armee von Cyborgsoldaten für die Lady Shredder in der Endphase ihrer Produktion ruhen. Über eine Zentralverbindung, die die Stasistanks versorgt, führt Donatello eine Ladung Anti-Naniten ein, die von Doctor X entwickelt wurden und speziell für die Naniten, aus denen Donatellos Cyborgkörper und nun die Exo-Rüstung der Lady Shredder bestehen, zugeschnitten sind, und die kybernetischen Systeme der Cyborgklone beginnen sich in Sekundenschnelle aufzulösen. Währenddessen findet Michelangelo Cheng vor dem Tank stehen, in dem sich sein Körper (mit Splinters Bewusstsein darin) befindet. Mit seinen Nunchakus zerschlägt Michelangelo die Glaswand des Tanks und entlässt seinen Vater, der bei vollem Bewusstsein ist, in die Freiheit; doch kaum ist dies geschehen, greift Cheng Splinter an, um ihn aus seinem Körper zu zwingen. Allerdings besitzt Chengs Körper nun die Fähigkeiten, die Cheng Splinter während ihrer Zeit in der Astralebene abgesaugt hat;[4] und damit hat Splinter keine Schwierigkeiten, Cheng k.o. zu schlagen. Dann kehrt Splinter den Geistestransfer um und erwacht in seinem eigenen Körper wieder, während Cheng jedoch seine Verbindung zu seinem eigenen Körper und damit auch sein Leben verliert.
Das Ende der Lady Shredder
Genau in dem Moment werden Leonardo, Donatello und Raphael von der Lady Shredder überfallen, die sich speziell Donatello vorknöpft, um sich für seinen Widerstand gegen ihre Kontrolle über sein Bewusstsein zu rächen.[5] Michelangelo kann sie aber mit dem Hinweis ablenken, dass ihre Cyborgarmee nicht mehr existiert, und als Lady Shredder von ihrem Schock durch den Verlust ihrer Truppen abegelenkt ist, besprühen die Turtles sie mit dem Rest von Doctor Xs Gegenmittel. Die Cybernaniten vergehen und lassen Amais leblosen Körper zurück, den Splinter respektvoll mit Lady Shredders Mantel bedeckt und ihr damit die Ruhe im Tod gibt, der ihr zu lange vorenthalten wurde.
Nachhause!
Kurz darauf finden die Turtles und Splinter einen weiteren Stasistank, in dem sich Karais Körper befindet.[1] Dann treten Pimiko und Go-Komodo vor sie; doch bei Go-Komodo handelt es sich in Wirklichkeit um King Komodo, der durch die DNA seines "Bruders" und das Mutagen die Fähigkeit erhalten hat, Go-Komodos Gestalt anzunehmen. Da Go-Komodo durch Pimikos Hand den Tod gefunden hat, planen die beiden, wieder nach Japan zurückzukehren, sich Go-Komodos Besitz anzueignen und von dort aus ihre weitere Zukunft zu planen. King Komodo hat Karai geklont, um sie wieder dem japanischen Foot Clan zurückzugeben und von ihnen im Gegenzug das Versprechen zu bekommen, von Go-Komodos Finanzimperium zukünftig Abstand zu halten. Nachdem er sich noch bei Leonardo für den Verlust von dessen Hand entschuldigt hat,[6] bietet er den Turtles und Splinter eine Fahrt nachhause in Go-Komodos Limousine an, was Splinter mit Freuden annimmt. Und so kehren die Turtles und Splinter in das Zuhause zurück, in dem sie sich von diesem langen Abenteuer erholen können: CaseysFamilenfarm in den Wäldern von Northampton.
Trivia
Als Donatello die Anti-Naniten in den Zentraltank der Cyborg-Zuchtstation einführt, singt er den Refrain einer alten amerikanischen Alka-Seltzer-Werbung vor sich hin.
