Nach einiger Untersuchung und Analyse der Hinweise, die er auf seinen öffentlichen Aufruf bekommen hat[1], ist Michelangelo schließlich auf einen Hinweis auf Sichtungen von einem riesigen Alligator in der Nähe eines Viadukts in der 34h Street nahe dem Queens Midtown Tunnel entdeckt und hat nun seine Familie zu sich gerufen, um ihr diese Neuigkeit mitzuteilen. Zwar haben sie nun ein Zielgebiet, doch wegen der vielen Tunnel und Verschläge müssen die Freunde trotzdem mit einer komplizierten Suche nach Mushroom rechnen. Gerade da kommen Jennika, Angel, Zanna und Zink ins Versteck und berichten, dass Raphael bei Alopex geblieben ist, um die Verletzungen, die sie sich beim Angriff der Frankensteinversion von Groundchuck und Dirtbag zugezogen hat[1], zu versorgen. Auch Jennika muss zurückbleiben, da ihre eigene Verletzung durch Leatherhead immer noch nicht ausgeheilt ist,[2] und auf Michelangelos Vorschlag beschließt Leonardo, auch Bob und Carmen hierzulassen, da die beiden in solchen Dingen trotz aller Tapferkeit noch viel zu unerfahren sind und Leonardo sie nicht in Lebensgefahr bringen will.[3]
Das Verarzten der Wunden
Im Wasserturm behandelt Raphael sorgsam Alopex's Wunden. Die Füchsin lamentiert darüber, wie sehr sie versucht hat, ihren eigenen Ninja-Clan zu gründen, nur um von solch schweren Fehlschlägen getroffen zu werden.[4] Raphael hingegen entschuldigt sich bei Alopex dafür, dass er damals mit Oroku Saki weggegangen ist, anstatt zu ihr zu halten.[5] Als Alopex ihn fragt, weswegen er nicht mit Jennika und Angel gegangen ist, antwortet er, dass in diesem Augenblick sie seine wichtigste Priorität ist.
Nur ein Mittel zum Zweck
In seinem Versteck indessen lobt Dr. BarlowLeatherheads Einsatz, der ihm mit Mushroom ein perfektes Versuchskaninchen für seine Transformationsexperimente mit den Schuppen Des Drachens eingebracht hat.[1] Leatherhead hat sich nur als Handlanger für Barlow betätigt in der Hoffnung, dass dieser ihm mithilfe der Magie, die den Schuppen innewohnt, dabei helfen kann, seine ursprüngliche Gestalt wiederzuerlangen.[6] Barlow macht jedoch keinerlei Hehl daraus, dass er Leatherhead als nichts weiteres als ein Versuchsobjekt ansieht, das ihm günstig in den Schoß gefallen ist, um seine eigentlichen Ambitionen zu verwirklichen. Doch ehe Leatherhead zornig aufbegehren kann, erhält Barlow durch seine Nachtschrecken eine Warnung, dass sich wieder Eindringlinge nähern.
Die Macht der Venus
In der Tat nähert sich die Gruppe der Turtles und ihrer Freunde, die sich an der Suchaktion beteiligen. Da sie aber ein sehr weites Areal zu durchsuchen haben, teilen sie sich in drei Gruppen auf: Leonardo mit Zink, Zanna und Angel; Donatello mit Koya und Bludgeon; und Michelangelo mit Venus. Doch kaum als sie sich aufgeteilt haben, wird jeder Einzelne von ihnen plötzlich von grauenhaften Halluzinationen heimgesucht, die sie über ihre innersten Zweifel und Ängste angreift. Einzig Michelangelo, der vor die Wahl zwischen der Menschheit und seiner Familie gestellt wird, und Venus, welche der psychiche Angriff über ihren fehlenden Platz in dieser Welt niederzuringen versucht, können dieser Falle widerstehen; daraufhin sammelt Venus ihre magischen Kräfte und kann sich und Michelangelo von diesen Albtraumillusionen abschirmen.
Die Schwachstelle
Zusammen eilen die beiden weiter, immer der Energie der Schuppen Des Drachens nach, welche Venus erspüren kann. Schließlich kommen sie zum Eingang von Barlows Versteck, doch dort müssen sie entdecken, dass Barlows Handlanger - die Nachtschrecken und sein Frankenstein-Groundchuck/Dirtbag ihre restlichen Freunde gefangen und sie hierhergeschleppt haben. Bevor sie ihnen helfen können, tritt ihnen Leatherhead entgegen; doch anstelle sie anzugreifen, bringt er durch einen Strahl aus seinem Drachenschuppen-Implantat Leonardo wieder zu Bewusstsein, ehe Barlow die Kontrolle über ihn zurückerlangt. Leatherhead greift die drei Turtles an, doch mithilfe von Venus' Magie können sie gegen ihn standhalten. Als Barlow die Eindringlinge, besonders Venus, entdeckt, lässt er Groundchuck/Dirtbag angreifen und versucht sich dann mit Mushroom und den restlichen Drachenschuppen-Fragmenten in Sicherheit zu bringen.
Barlow Unleashed!
Als Venus ihn flüchten sieht, nimmt sie sofort die Verfolgung von Barlow auf; doch gleich danach entdeckt Leonardo, dass die implantierten Drachenschuppen gegenüber pysischen Schäden, die sie treffen, verwundbar sind. Mit seinen Katanas durchbohrt er daraufhin Groundchuck/Dirtbags Schuppe und bricht damit die Energie, die sie belebt; und damit können er und Michelangelo sich zu zweit um Leatherhead kümmern. Barlow bleibt sichließlich an einem Hindernis stecken und erlaubt es Venus damit, ihn einzuholen. Doch wie sie sogleich feststellen muss, hat Barlow sich bereits selbst ein Schuppenstück eingesetzt[1], und nun setzt er dessen Kraft frei, um sich gegen Venus zur Wehr zu setzen.