Nach MozarsAnkündigung, mit dem rekonstruierten Schwarzlochgenerator nun die Erde anzugreifen, nimmt die Mannschaft der Ulixes Kurs zurück ins irdische Sonnensystem. Zwar freuen sich die Terraner in der Crew auf die Rückkehr zur guten alten Erde, doch Leonardo und Professor Honeycutt machen ihnen nochmal klar, wie kurzlebig diese Freude sein wird, wenn die Triceratonier ihren Vernichtungsplan für ihre Heimat - wieder einmal - in die Tat umsetzen können; und da die Zeitwarp-Funktion der Ulixes diesmal nicht funktioniert, ist dies ihre allerletzte Chance, die Erde zu retten.
Honeycutts Geständnis
Als die Freunde auf ihrer Weiterreise diskutieren, wie sie den Schwarzlochgenerator, der eigentlich unzerstörbar ist, ausschalten sollen, bemerkt April dank ihrer psychischen Fähigkeiten, dass Honeycutt von irgendetwas schwer bedrückt wird. Honeycutt macht daraufhin den Turtles ein schockierendes Geständnis: Es waren nicht die Kraang, sondern er selbst, der den Schwarzlochgenerator konstruiert hat! Er hatte den Generator ursprünglich als Energiequelle konzipiert, wurde aber von den Kraang dazu bestochen, das Gerät zu einer Waffe umzufunktionieren; erst später aber hatte sich sein Gewissen dazu durchgerungen, etwas gegen den Missbrauch seiner Erfindung zu unternehmen. Diese Neuigkeit entzweit den Rest der Mannschaft: Während April, Donatello und Michelangelo gewillt sind, dem Fugitoiden eine Chance zu geben, seinen Fehler wieder gutzumachen, reagieren Casey, Raphael und besonders Leonardo mit Bestürzung und Wut darauf, dass Honeycutt indirekt, jedoch nicht weniger wesentlich, an der drohenden Zerstörung ihrer Heimat beteiligt ist. Daher trennt sich Leonardo zornig vom Fugitoiden und fängt an, sich eine eigene Strategie gegen die Triceratonier zusammenzuschmieden.
Ein desperater Alleingang
Um die Triceratonier hier und jetzt aufzuhalten, votiert der Rest der Freunde - entgegen Honeycutts Warnungen - für einen direkten Angriff auf das Triceraton-Mutterschiff. Da sie jedoch nicht im Stealth-Modus vorgehen, werden sie entdeckt und von der Jägerflotte der Triceratonier angegriffen. Zu allem Überfluss bricht Leonardo grimmig entschlossen mit dem Stealth Shuttle der Ulixes in Richtung von Mozars Kommandoschiff auf, um alleine den Kampf gegen die Triceratonier aufzunehmen. Er scheitert jedoch mit seinem Durchbruchsversuch, wird abgeschossen und endet mit einem aufgebrochenen Sauerstoffhelm im All. Seine Freunde versuchen ihm zuhilfe zu kommen, doch die feindlichen Jäger schießen die Ulixes ab und lassen sie zur Oberfläche des nahen Mars stürzen. Honeycutt kann jedoch gerade noch die Reservesysteme aktivieren, das Schiff vor dem Absturz bewahren und Leonardo vor dem Tod im Vakuum retten.
Die Geschichte wiederholt sich
All diese Verzögerungen haben allerdings zur Folge, dass die Triceratonier als erste bei der Erde ankommen und den Generator zum Washington Square in New York transportieren. Als die Außerirdischen die Aktivierung des Generator einleiten, werden sie von den Turtles und ihren Freunden von vor sechs Monaten konfrontiert. Als Mozar mitkriegt, dass die Turtles "bereits" auf der Erde sind (dabei aber nicht ahnt, dass die Turtles, mit denen er es in der letzten Zeit zu tun hatte, in der Zeit zurückgereist sind), teleportiert er sich auf der Stelle persönlich zur Erdoberfläche herunter, greift sich Michelangelo und entführt ihn zurück aufs Komnandoschiff. Als er dort feststellt, dass sein Gefangener und seine ihm nachfolgenden Brüder sich wider Erwarten nicht an ihn erinnern, beginnt er zu begreifen, was hinter der Sache steckt...
Unverhofft kommt oft!
Währenddessen auf der Ulixes formuliert Honeycutt einen Plan, in dem die Turtles, April und Casey ihren Versionen aus der Vergangenheit im Kampf helfen sollen, während er den Generator wiederzuerlangen versucht. Doch April spürt, dass Honeycutt ihnen nicht die Wahrheit erzählt, und so flammt das Misstrauen gegen Honeycutt erneut auf. Aufgrund dessen wirft Honeycutt seine Gefährten kurzerhand aus dem Schiff heraus, und so brechen die Freunde notgedrungen in Richtung Washington Square auf und greifen dort in den Kampf gegen die Triceratonier ein. Sie treffen gerade vor dem Augenblick ein, wo Shredder Splinter von hinten ersticht - doch diesmal kommt auf einmal alles anders: Anstatt dem heimtückischen Anschlag zum Opfer zu fallen, kann Splinter den Angriff abfangen und den Shredder in einen Zweikampf verwickeln! Er besiegt ihn schließlich, entschließt sich aber, seinen Feind nicht zu töten, worauf Tiger Claw ihm im Namen des Foot Clans Vergeltung schwört.
Die Schlacht der zwei Zeiten
Donatello kann indessen den Timer des Generators mit einem Laserschuss außer Betrieb setzen, doch dann trifft Mozar erneut auf dem Kampfplatz ein und erhält im Angesicht aller acht Turtles aus der Vergangenheit und der Zukunft die Bestätigung für seine Vermutung. Er stellt sich den Turtles zum Kampf, doch gemeinsam können die beiden zeitversetzten Teams ihm nach und nach beikommen. Der gedemütigte Mozar teleportiert sich und seine Truppen wieder aufs Kommandoschiff zurück und gibt den Befehl, New York mit den Waffensystemen des Mutterschiffs zu verwüsten, dann den Schwarzlochgenerator zu bergen und damit das Vernichtungswerk zuende zu bringen.
Das Opfer des Fugitoiden
Zurück auf der Erde feiern die Turtles aus der Zukunft ein kurzes Wiedersehen mit ihrem Meister, doch dann müssen sie mitansehen, wie der Fugitoid sich den Generator mit dem Traktorstrahl der Ulixes schnappt und in Richtung des Triceratonschiffes fliegt. Erst dann begreifen die Turtles, was der Professor schon von Anfang dieser Mission an geplant hat: Er hat vor, die Selbstzerstörung des Schiffes einzuleiten und dessen Energie in Kombination mit dem Fusionskern im Inneren seines Roboterkörpers zu benutzen, um den Generator zu vernichten. Um zur gleichen Zeit auch die Bedrohung durch die Triceratonier ein für alle Mal zu beenden, steuert Honeycutt sein Schiff in die sich aufladenden Energiewaffen der feindlichen Schiffe und löst so eine Explosion aus, die ihn, die Ulixes, den Generator und die Triceratonier mit einem Schlag vernichtet.
Ein neuer Kreis beginnt...
Nun, da die Gefahr für die Erde beseitigt ist, erhebt sich nun das Problem, dass einige Personen jetzt zweifach in der selben Zeitkontinuität existieren. Doch da ergibt sich eine neue, erfreuliche Überraschung: Eine zeitversetzte Version von Honeycutt (die in der alten Realität die Turtles vor der Zerstörung der Erde gerettet hat) trifft in dem Moment ein und lädt die jüngeren Turtles zu einer Reise in den Weltraum ein. Die Zukunfts-Turtles sprechen dem Fugitoiden ihr Vertrauen aus, und die jüngeren Versionen der Turtles, April und Casey steigen begeistert an Bord der Ulixes und brechen zu einem neuen, fantastischen Abenteuer auf. Und als die Zukunfts-/Gegenwart-Turtles und ihre Freunde sich müde, aber glücklich vom Kampfplatz zurückziehen, aktiviert sich im Orbit über der Erde der einzige Überrest des Fugitoiden - sein Kopf - auf einmal wieder...
Zitate[]
Casey: Es gibt immer noch eine Chance, die Triceratonier zu stoppen, oder? Professor Honeycutt: Nun... wir werden etwa fünf Minuten früher als zu dem Zeitpunkt eintreffen, in dem ich beim letzten Mal angekommen bin. Fünf Minuten sind nicht so schlecht. Leonardo: Bist du verrückt?! Das ist nicht genug Zeit! Ich versteh das nicht! Wir hatten die Fragmente dieses Schwarzlochgenerators. Warum haben wir sie gleich nicht in einen Stern geworfen, als wir noch die Gelegenheit dazu hatten? Honeycutt: Ich habe den Generator so konstruiert, dass er nur gegenüber eine Kombination von Kernfusion und Dunkler Materie verwundbar ist! [dreht vor Frust durch] Nun, wenn ihr euch endlich beruhigt und mir gestattet-!
Mozar: So, ihr seid in der Zeit zurückgereist, um eure Welt zu retten, was bedeutet, dass ich sie beim ersten Mal zerstört habe, nicht wahr? Nun wird Mozar die zweite Runde gewinnen. Junger Michelangelo: Leute, jetzt verstehe ich! Diese Kerle sind wir aus der Zukunft!! Älterer Michelangelo: Nein, Kumpel. Ihr seid uns in der Vergangenheit.
Shredder: Ich werde diese Welt von einem abscheulichen Monster befreien! Splinter: Das einzige Monster hier bist DU, Saki!
Ein Neuanfang
Michelangelo: Nein, Fugitoid! Tu das nicht! Professor Honeycutt: Es muss so sein, meine Freunde. Wenn ihr meine Absichten gekannt hättet, hättet ihr mit Sicherheit versucht, mich zu stoppen. Und dafür... danke ich euch.
Professor Honeycutt: Lasst es euch alle wissen, dass ihr meine Freunde seid und ich euch alle liebe.
Splinter: Ich bin nicht völlig sicher, was sich hier heute abend ereignet hat, aber ich danke meinen Söhnen... in der Gegenwart und in der Zukunft.
