New York City versinkt in Kriminalität. Menschen werden auf offener Straße beklaut, ohne dass die Polizei eingreift. Auch die junge Journalistin April O'Neil wird Opfer einer Straßengang. Sie schafft es, sich in die Kanalisation zu retten, wo sie auf vier sonderbaren Gestalten gerettet wird. Als diese ins Licht treten (siehe Bild oben) stellt sie fest, dass es sich um riesige, mutierteSchildkröten handelt und sie fällt in Ohnmacht. Als sie wieder aufwacht, befindet sie sich in einem Raum, der wie ein japanisches Zimmer eingerichtet ist, wo sie neben den vier Schildkröten auchihren Rattenmeister Splinter trifft. Dieser erzählt ihr, dass er einst ein Kampflehrer namens Hamato Yoshi in Japan war und den Foot-Clan unterrichtete. Einer seiner Schüler, Oroku Saki, wollte jedoch seinen Platz einnehmen und stellte ihn mit Hilfe eines schmierigen Tricks vor den Augen eines Senseis (Lehrmeisters) als Verräter dar. Yoshi musste nach Amerika fliehen, wo er in der Kanalisation mit Ratten zusammenlebte. Eine Tages verlor ein Junge ein Glas mit Schildkröten über einem Gully, durch den sie fielen und Yoshi trafen. Dann gelangte eine sonderbare Flüssigkeit durch ein Rohr in ihr Zimmer und die Schildkröten krabbelten darin herum. Auch Yoshi kam damit in Berührung und wurde, durch seinen Kontakt mit Ratten, zu einer riesigen Ratte. Seine Schildkröten wurden zu menschenähnlichen Wesen, die er zu Kämpfern ausbildete. Als Kunstliebhaber benannte er sie nach seinen Lieblingsmalern: Donatello, Raphael, Leonardo und Michelangelo.
Auf der Suche nach Informationen treffen die Turtles auf die Fuß Soldaten des Shredders, welcher hinter den Raubzügen steckt. Doch Shredder selbst ist nur ein Untergebener eines noch schlimmeren Wesens.
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